我國《行政院組織法》自1949年修正以來，始終維持八部二會之組織型態，在此期間，為因應實際環境需要，而陸續增設諸多單位，造成行政院組織疊床架屋、權責不分的窘境，故我國自1987年開始修正作業，歷經兩次政黨輪替，故行政院組織改造為貫穿期間的持續性議題。

    為因應不同時空下的特定政經挑戰，政府會進行本身角色的調整，而兩次政黨輪替的政經系絡如何影響其行政院組織改造？兩次政黨輪替期間，各提出不同的行政院組織改造版本，其內容有何異同？推動過程的難題為何？而行政院組織改造爭論不休之因，來自於部會爭議性，在部會爭議背後的利害關係與協商過程又如何影響行政院組織改造的推動？都是本研究探討之處。

   本研究採行政治經濟分析的研究途徑，並採用文獻分析法及深度訪談法，藉由不同類型的文獻資料，比較分析不同時期的政經系絡與內容，並透過訪談當時的相關人士，如政要、立委、公務員等，以勾勒出完整細緻的全貌。本研究將分析焦點置於行政院部會組織架構之整併過程、組織改造五法、推動作業等行政院組織改造的相關課題，亦針對爭議較大的三個部會為個案分析，如科技部、僑委會及金管會，以求能深度了解行政院組織改造的演變過程。我國行政院組織新架構正要開始運作，探索台灣過去與現在的行政院組織改造歷程，以提供未來研究者及實際運作者做為參考。

From 1949 to 2010, even though several agencies had been created in response to new needs, the main structure of the Executive Yuan maintains 8 ministries and 2 councils according to “The Executive Yuan Organic Law”. It reflects the huge gap between the practice and the legal system in Taiwan.

    Comparing two political turnovers since 2000, there are different political and economic challenges which demanded the governments with higher efficiency. What were the political economy effects of the restructuring of the Executive Yuan? What were similarities and differences among the amending versions? What were the main issues during the organization restructuring process?

   Trying to focus on the process of consolidation and deactivate organizations, laws and canvass during two political turnovers in Taiwan, this paper reviews a variety documents including official reports, articles which using political economy analysis, and records of in-depth interviews. Choose three controversial ministries as the cases for further study which will clarify the perspectives of analysis. To sum up, for increasing Taiwan's competitiveness and coping with various challenges, we can learn lessons from the experience of the past.

第一章  緒論 1
   第一節 研究動機與目的 1
   第二節 研究途徑 3
   第三節 研究方法 3
   第四節 文獻探討 6
   第五節 研究範圍、限制與流程 11

第二章  台灣第一次政黨輪替後之行政院組織改造：2000~2008年 13
   第一節  政黨輪替前的政府改造：1949~2000年 13
   第二節  第一次政黨輪替後的政經系絡 22
   第三節  民進黨政府之行政院組織改造的運作與內容 28

第三章  台灣第二次政黨輪替後之行政院組織改造：2008年至今 35
   第一節  第二次政黨輪替後的政經系絡 35
   第二節  國民黨政府之行政院組織改造的運作與內容 41
   第三節  行政院組織改造基礎法的重要內容 49

第四章  兩次政黨輪替之行政院組織改造比較 67
   第一節  政經系絡與行政院組織改造 67
   第二節  重要內容比較 72
   第三節 「部」與「會」之爭議 79

第五章  爭議部會的個案分析 91
   第一節  科技部 91
   第二節  僑委會 100
   第三節  金管會 106

第六章  結  論 115
   第一節 研究發現 115
   第二節 結語與展望 119

參考文獻 123
附   錄 131
附錄一：1987~2008年行政院組織法未修法前成立的部會表 131
附錄二：1987年以來政府推動行政院組織改造歷程一覽表 137
附錄三：新行政院組織架構區塊業務一覽表 145
附錄四：深度訪談編碼表 147
附錄五：行政院所屬機關組織調整大事紀總表 148
附錄六：台灣行政院組織改造大事紀（1987-2012年）149
附錄七：1988~2010年之行政院組織改造系絡圖 218
附錄八：行政院組織改造相關影音檔重點整理 221

表 次
表1－1：行政院組織改造的歷史沿革、部會架構與調整重點 2
表2－1：政府再造推動計畫 18
表2－2：政府歷年推動之行政革新或政府改（再）造 20
表2－3：民進黨政府時期《行政院組織法》修正草案部會比較表 33
表3－1：馬英九總統競選時行政院組織改造承諾一覽表 41
表3－2：行政院組織改造推動時程 45
表3－3：行政院組織改造法案立法結果 46
表3－4：我國行政院組織改造進程 50
表3－5：1988~2010年《行政院組織法》修正草案不同版本部會比較表 51
表3－6：民進黨與國民黨2010年《行政院組織法》表決版本比較表 55
表3－7：民進黨與國民黨2010年基準法表決版本比較 56
表3－8：《中央行政機關組織基準法》重要規範比較表 58
表3－9：歷次總員額法草案主要內容差異分析 61
表3－10：《中央政府機關總員額法》員額規定之比較表 62
表3－11：行政法人與財團法人比較 66
表4－1：2001~2008年立法委員選舉結果分析 70
表4－2：兩次政黨輪替執政的行政院組織改造比較表 77
表4－3：行政院部會及其相當層級的組織類型 79
表4－4：兩次政黨輪替執政的主要部會爭議問題 89
表5－1：「科技部」與「科技委員會」優缺點比較 97
表5－2：金融政策權歸屬爭議相關意見表 109
表5－3：主要國家金融監理制度的安排 112
表5－4：《金管會組織法》修法前後之重點條文比較 113

圖 次
圖1－1：研究流程圖 12
圖2－1：行政革新方案架構圖 17
圖2－2：行政院組織改造推動委員會分層分工示意圖 29
圖3－1：馬總統滿意度及信任度趨勢圖 39
圖3－2：未來行政院機關變革業務整併圖 48
圖3－3：基準法規範下的組織型態與要項 57
圖3－4：機關總量管制標準（第29條至第33條）58
圖4－1：2000~2010年台灣經濟成長率　69
圖4－2：2000~2010年台灣失業率　69
圖4－3：行政組織改造之決策圖　75
圖5－1：科技部組織架構圖　92
圖5－2：政府科技經費之配置與流程圖 93
圖5－3：呂委員展現政治稟賦流程圖 96
圖5－4：反對合併者展現政治稟賦流程圖 105

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行政院，上網日期：2011年3月10日。網址：http://www.ey.gov.tw
金管會，上網日期：2011年6月15日。網址：http://www.fsc.gov.tw
原能會，上網日期：2011年6月11日。網址：http://www.aec.gov.tw
國科會，上網日期：2011年6月10日。網址：http://web1.nsc.gov.tw
僑委會，上網日期：2011年5月25日。網址：http://www.ocac.gov.tw
總統府，上網日期：2011年2月20日。網址：http://www.president.gov.tw/