隨著時代的演進及國際環境的變遷，台灣對於日本所代表的意義也不斷在改變，經過李登輝、陳水扁時代總計二十年的經營，使台日關係的發展空前良好。但多年來的正面發展，容易讓人過度樂觀看待這段雙邊關係，而忽略了其實台日之間仍然有不少問題，例如從未獲得有效解決的爭端（釣魚台問題），以及不穩定的外部環境因素（中共、美國因素），使原本良好的台日關係倒退，甚至爆發衝突的可能性也不能排除。
    由於台灣及日本在二戰後的發展深受冷戰因素影響，因此本論文仍有相當篇幅整理冷戰期間的台日關係，接著逐步分析台日之間能在冷戰後朝正面發展的原因、限制雙方進一步朝安保關係發展的關鍵，以及符合台日目前國情的安全合作模式的應有型態。

As time and international situation change, Japan’s meaning to Taiwan keeps changing as well.  After the 20 years ruling of President Teng-Hui Lee
and President Shui-Bian Chen, the development of Taiwan-Japan relationship reaches a historical high.  However, the positive development for years makes people over-optimistic for such relationship.  As the result, people overlook the fact that there are still many existing problems between Taiwan and Japan.  For example, the unsolved disputes (the Fishing Islands issue) and the unstable external environmental facts (China and U.S. factors) lead to the recession of the good relationship between Taiwan and Japan, and even conflicts are also possible.  
  The post-Second World War development of both Taiwan and Japan are deeply affected by Cold War factor.  Therefore, this thesis devotes one chapter to describe the Taiwan-Japan relationship during the Cold War, following by the analysis for the reason why the Taiwan-Japan relationship may develop positively after the Cold War, the key factor restricting both parties to further develop the safety security relationship, and the practical security cooperation model under the current situation in Taiwan and Japan.

目錄

第一章  緒論	1
第一節  研究動機及研究目的	1
第二節  研究重要性	6
第三節  研究範圍與研究限制	7
第四節  文獻檢閱	9
第五節  研究方法與研究架構	12
第二章   冷戰期間的台日關係	16
第一節  1945~1950：將台日與美國大戰略連結的兩場戰爭	16
第二節  1950~1954：吉田原則及美國在亞洲布局的確立	20
第三節  1954~1972：美日安保的轉型、若離若合的台日關係	25
第四節  1972~1988：七二年體制的形成	31
第三章  台日關係之促進及安保的發展	40
第一節  1988~2000：李登輝執政時期	40
第二節  2000~2008：陳水扁執政時期	53
第三節  台日在安全議題上的交流	61
第四章  台日戰略環境分析	71
第一節  台日在國際處境上的困難	71
第二節  台日安全環境之改變	78
第三節  台日國防力量的發展與轉型	83
第五章  台日關係面臨的主要課題與挑戰	95
第一節  台日之間的爭端	95
第二節  國際環境層面：美國因素	100
第三節  國際環境層面：中共因素	108
第六章  台日安全合作之可行方向	115
第一節  國家安全內涵擴大所造成之影響	116
第二節  兼顧傳統及非傳統安全問題的台日安全合作模式	123
第七章 結論	138
第一節  研究發現	138
第二節  未來展望	146
參考文獻	149

表目錄
表1-1 論文研究架構圖	14
表1-2 台日海上安全合作模式	15
表3-1 訪日的台灣高階官員	42
表4-1 防衛大綱內容之比較	84
表4-2 日本彈道飛彈防衛系統發展過程	86
表6-1 台日近年重大天災對照表	125

參考文獻
一、	中文書目
（一）、專書
1、《2007-2009亞太和平觀察研討會》論文集。臺北：中研院人文社會科學研究中心亞太區域研究專題中心出版，2009年。
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（二）、專書譯著
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2、卜睿哲（Richard C. Bush）著；林添貴譯。《台灣的未來。台北：遠流出版，2010年。
3、克里斯多福‧休斯（Christopher W. Hughes）著；李育慈譯。《日本安全議題》。台北：國防部史政編譯室，2008年。
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1、吳春宜著。《冷戰後の日中台安保関係の研究　台湾海峽の帰趨を巡って》。台北：鴻儒堂出版，2007年。
2、PHP綜合研究所編著。《台湾有事のシミュレーション：観念的安保論から具体的行動論への転換》。東京：PHP綜合研究所出版，2000年。
3、みんなの選挙研究会編著。《日本首相の所信表明演說》。東京：水曜社，2010年。
4、ニユース‧リテラシー研究所編著。《図解まるわかり時事用語2009-2010》。東京：新星出版，2009年。
5、永山英樹著。《日本の命運は台湾にあり》。東京：まどが出版，2008年。
6、信田智人。《冷戦後の日本外交》。京都：ミネルヴァ書房出版，2006年。
7、森本敏。《日本の安全保障問題》。東京：海龍社，2007年。
8、川島真、清水麗、松田康博、楊永明著。《台日関係史1945-2008》。東京：東京大學出版會出版，2009年。
9、谷內正太郎。《外交の戦略と志》。東京：產經新聞出版，2009）。
10、中川昌郎。《李登輝から陳水扁、台湾の動向1995～2002》。東京：交流協會出版，2003年。
11、中村勝範、楊合義、淺野和生著。《日米同盟と台湾》。東京：早稻田出版，2003年。
12、中島信吾。《戦後日本の防衛政策 吉田路線をめぐる政治、外交、軍事》。東京：慶應義塾大學出版會，2006年。
13、添谷芳秀。《日本の「ミドルパワー外交》。東京：東京筑摩書房，2005年。
14、田中明彥。《アジアのなかの日本》。東京：NTT出版，2007年。
15、東海大學平和戦略囯際研究所主編。《日米安保と沖繩問題》。東京：社會評論社出版，1997年。
16、東京財團編。《アジアにおける非伝統的安全保障と地域協力》。東京：東京財團出版，2008年。
17、富坂聰。《平成海防論 困難は海からやってくる》。東京：新潮社出版，2009年。
18、有馬元治。《激動する台日関係の回顧と展望》。東京：太平洋綜合研究所，1995年。
19、李成日。《中囯の朝鮮半島政策》。東京：慶應義塾大學出版会，2010年。
20、李登輝、小林よしのり。《李登輝学校の教え》。東京：小學館，2003年。
21、瀨端孝夫。《防衛計画の大綱と日米ガイドライン》。東京：木鐸社刊出版，1998年。
22、防衛省防衛研究所編。《東アジア戦略概観》。東京：株式会社アーバン・コネクションズ，2011年。
（二）、期刊
1、ジョナサン‧アダムズ，〈尖閣で台湾「反日化」の裏側〉，《NEWSWEEK》日文版，2008年7月2日。
2、ラーナ‧フォルーハー，〈沈みゆく成長戦略なきニッポン〉，《NEWSWEEK》日文版，2009年9月2日。
3、渥美正洋，「台湾のエネルギー安全保障確保にかかる諸問題～国内エネルギー政策とエネルギー海上輸送」，《IIPS Policy Paper 300J（東京：財團法人世界平和研究所出版，2003年）。
4、井尻秀憲，「流動化する台湾內政と米中台関係--馬英九政権一年間の総括」，問題と研究，第三十八卷一号(2009年3月)。
5、松田康博，「馬英九の勝利と台湾の将来—2008年台湾総統選挙をどう読み解くか」，《外交フオーラム》(2008年5月)。
6、森本敏，「日米同盟の行方」，《外交フオーラム》(2009年3月)。
（三）、官方資料
1、「メキシコ湾石油基地爆発による石油流出事故に対する専門家の派遣について」。海上保安廳。http://www.kaiho.mlit.go.jp/（檢索日期：2011年6月3日）。
2、「共同発表：日米安全保障協議委員会」。日本外務省。 http://www.mofa.go.jp/mofaj/area/usa/hosho/2+2_05_02.html（檢索日期：2011年2月17日）。
3、「常任理事国入りと日本の国際貢献」。日本外務省。 http://www.mofa.go.jp/mofaj/gaiko/un_kaikaku/j_rijikoku/j_rijikoku.html（檢索日期：2011年5月12日）。
4、「深層崩壊についてよくあるご質問  深層崩壊といわれる台湾モーラコット災害はどのような災害だったのか」。國土交通省。 http://www.mlit.go.jp/river/sabo/deep_landslide_FAQ.html#14（檢索日期：2011年7月3日）。
5、「台湾における台風8号による災害に対する国際緊急援助隊・専門家チームの活動概要」。日本外務省。 http://www.mofa.go.jp/mofaj/area/taiwan/taifu8/kastudo_gai.html（檢索日期：2011年7月3日）。
6、「日米防衛協力のための指針」。日本外務省。 http://www.mofa.go.jp/mofaj/area/usa/hosho/kyoryoku.html#1（檢索日期：2010年12月12日）。
7、「日本囯政府と中華人民共和國の共同声明」。日本外務省。 http://www.mofa.go.jp/mofaj/area/china/nc_seimei.html（2010年12月3日）。
8、「平成23年度以降防衛計画大綱等」。日本防衛省。 http://www.mod.go.jp/j/approach/agenda/guideline/2011/index.html（檢索日期：2011年6月2日）。
9、「平成23年版防災白書」。內閣府。 http://www.bousai.go.jp/hakusho/hakusho.html（檢索日期：2011年7月19日）。
10、「日美安全保障共同宣言—21世紀に向けての同盟」。日本外務省。 http://www.mofa.go.jp/mofaj/area/usa/hosho/sengen.html（檢索日期：2011年4月28日）。
11、防衛省編著。《平成22年版日本防衛白書》。東京：防衛省出版，2010年。
12、防衛省防衛研究所編著。《東アジア戰略概觀2009》。東京：防衛廳防衛研究所，2009年。
（四）、網路資料
1、「台湾は尖閣諸島問題から身を引いたのか」，Japan Realtime，2010年10月15日http://jp.wsj.com/japanrealtime/2010/10/15/%E5%8F%B0%E6%B9%BE%E3%81%AF%E5%B0%96%E9%96%A3%E8%AB%B8%E5%B3%B6%E5%95%8F%E9%A1%8C%E3%81%8B%E3%82%89%E8%BA%AB%E3%82%92%E5%BC%95%E3%81%84%E3%81%9F%E3%81%AE%E3%81%8B/（檢索日期：2011年7月1日）。
2、公益財團法人世界平和研究所，「IIPSについて」，http://www.iips.org/j-page1.html。
3、日本李登輝友の会，「設立趣意」，http://www.ritouki.jp/purpose.html
4、日本政治‧國際關係數據庫。「吉田茂致杜勒斯的信」http://www.ioc.u-tokyo.ac.jp/~worldjpn/documents/texts/JPCH/19511224.O1C.html（檢索日期：2010年11月26日）。
5、東京大学東洋文化研究所 田中明彦研究室，「財団法人交流協会と亜東関係協会との間の２０１０年における台日双方の交流と協力の強化に関する覚書」http://www.ioc.u-tokyo.ac.jp/~worldjpn/。
三、報紙
1、堅本淳，「海上自衛隊の活動海域と護衛方法」，《朝日新聞》，2009年5月4日，13版。
2、船橋洋一，「厳密に潜む米の焦燥」，《朝日新聞》，2009年11月5日，13版。
3、村松真次、木村司、松川敦志，「目算なき沖繩視察」，《朝日新聞》，2010年1月10日，2版。
4、長島昭久，「宇宙、サイバー　日米協働で」，《朝日新聞》，2010年5月8日，13版。
5、Richard Bowman Myers，「沖繩海兵隊は防衛の決意」，《朝日新聞》，2010年7月20日，3版。
6、添谷芳秀，「アジア諸国との安保対話を」，《朝日新聞》，2010年7月21日，13版。
7、《朝日新聞》，「「核持ち込ませず」原則見直し提言」，2010年7月27日，1版。
8、傅高義（Ezra Feivel Vogel），「日中を語る」，《朝日新聞》，2010年10月29日，13版。
9、「菅外交 北朝鮮に無力」，《朝日新聞》，2010月11月25日，3版。
10、「ミサイル移転　なし崩しではいけない」，《朝日新聞》，2011年2月28日，3版。