兩岸對打擊犯罪的合作，因牽涉司法主權等因素，實質往來多透過「點對點」的個人或社團間交流，並非通案性的管道，雙方亦未對彼此犯罪偵查制度全貌充分掌悉，進而擴大互助。因此，如何「求同存異」，秉持「同意歧見」精神，務實看待彼此的制度，透過整體性認知兩岸制度原貌，並釐清箇中差異所在，以此建立基礎，構築兩岸後續可長可久，有效穩固的交流合作，自屬重要。
兩岸犯罪偵查於刑事程序的最終決定公訴與否者係檢察官，亦即控有公訴權的獨占性，且由檢察官擔負偵查的法律監督控制職責。故本文以文獻探討分析方法、歷史研究方法，以及比較研究歸納法，先透過文獻的蒐集，將基礎理論、不同背景時期變遷沿革，各該時期規範的探究，鋪陳本文研究檢察權主導下的兩岸犯罪偵查制度主題；另方面，爲求對兩岸制度認識的完整，並互為對照比較，以兩岸檢察權為主導下的「犯罪偵查」為中心與範圍，探討靜態法令建制、組織設計，以及動態權限行使、監督控制等，呈現於「檢察權」掌控偵查而提起公訴基礎，兩岸於刑事程序中犯罪偵查的異同，並尋求下階段立法，未來可能應有的設計研議，共同為彼此推動互助或合作奠下基石。
本文自兩岸檢察權下的偵查制度探討歸納可知：檢察權的基礎理論或發展，均逐步尋求更堅實憲政結構角色、法律性質定位等，作為未來持續發揮功能與作用的基礎，立法的走向也被賦予更多樣化、多元的公共利益維護者的角色期待；此外，偵查階段於制度面的改善，更趨於符合現代法治國原理的要求，強化對偵查程序的監督力量，檢察權也備受倚賴，在刑事訴訟程序偵查階段價值突顯，以及檢察權必然介入存在下，益徵檢察權的定位明確與職權運作的重要性。故如何試圖扭轉犯罪追訴與處罰，自傳統的以「審判」為中心，轉移至以「偵查」為中心，透過確立偵查過程，係由具完整法學訓練，制度上賦予具國家法秩序維護角色的檢察官作為主導者，強化人權保障思維的偵查程序設計，均係植基於檢察權控有「犯罪偵查監督」的重要機制下，兩岸犯罪偵查程序應有的努力思考方向。

The cooperation between China and Taiwan seldom interchange by public channel but usually by private channel because of justice sovereign. Moreover, both can’t penetrate with the systems of crime investigation mutually to cooperate with each other. Hence, we must hold the spirit of seeking common ground and putting aside the differences to understand the substances of the systems Cross Strait thoroughly in order to analyze the divergences. Furthermore, above all are the foundations to build a constant and stable cooperation Cross Strait, which is considered as an important task in the future.
The final decisions of prosecution during the penal procedure are made by prosecutors in the system of crime investigation of China and Taiwan, which means the prosecutors dominate prosecution and are charged of supervision in law. As a result, the study is based on the analysis of literature, history and comparison to initially gather facts in order to connect basic theories, documents of changes of the regulation in each era, and documents of the research of regulations in each era to this passage concerning the subject of the administrative power of prosecutors under Cross Strait regulations. In addition, to look for the complete understanding and comparison with the systems Cross Strait, the study puts a focal point in crime investigation of systems dominated by prosecutors to seek legislation, organization framing and power to exercise, supervise and control, which presents the prosecution is the center of the investigation and the differences and similarities of the crime investigation systems Cross Strait. Moreover, the study seeks for the legislation and devises the possible design of future to lay foundation on the cooperation Cross Strait.
  The result from the analysis of the crime investigation of Cross Strait: The basic theories and history of prosecution which seek to become more substantial in the constitutional structure and a position in law, are the foundation to function well and constantly, while the legislature is given expectations to protect the various public interests; Moreover, the improvement of institution of investigation conforms to the demand of rule of law. Also, the enforcement supervising the investigation which relies on the prosecution reveals its own value during the penal procedure. The inevitable intervention of prosecutor shows the importance of clear position and operation of the prosecution. Consequently, by establishing the investigation firmly, the system entitles the prosecutor to become the protector of law and order in the state, to emphasize humanization in the design of the prosecuting procedure; all of the above are based on the critical mechanism "Supervised Crime Prosecution", which should be strongly considered throughout the practice of Criminal Investigation between China and Taiwan.

-目次-
第一章 緒論	1
第一節 研究動機與目的	1
第二節 研究方法與範圍	4
第二章 兩岸檢察權理論與制度變遷	7
第一節 檢察權之意義	7
第二節 檢察權之理論基礎	10
第三節 檢察權內涵之變遷	23
第三章 兩岸犯罪偵查制度	47
第一節 犯罪偵查之意義	47
第二節 臺灣地區之犯罪偵查	50
第三節 大陸地區之犯罪偵查	62
第四章 檢察權運作下之兩岸犯罪偵查差異	81
第一節 檢察權角色定位	81
第二節 檢察機關法律性質	85
第三節 偵查機關結構與權責	90
第四節 偵查事權的指揮歸屬	94
第五節 強制處分權行使	97
第六節 偵查權之控制與監督	102
第五章 結論- 以偵查為中心的人權保障思維	111

表圖目次
表圖 1：論文結構表 6
表圖 2：傳統三大法系的檢察權  9
表圖 3：臺灣地區檢察權理論法沿革觀 13
表圖 4：兩岸檢察權理論 22
表圖 5：臺灣地區檢察權變遷發展 35
表圖 6：大陸地區檢察權發展與變遷 46
表圖 7：臺灣地區偵查機關 52
表圖 8：臺灣地區偵查流程圖 61
表圖 9：大陸地區偵查機關體系關係圖 64
表圖 10:大陸地區刑事居留制度 75
表圖 11:大陸地區逮捕制度 77
表圖 12:大陸地區偵查流程圖 80
表圖 13:兩岸檢察權角色定位 84
表圖 14:兩岸檢察機關法律性質 89
表圖 15:兩岸偵查事權指揮歸屬 97
表圖 16:兩岸強制處分權發動者 101
表圖 17:權力監督方式 103
表圖 18:兩岸檢察權下偵查制度之比較簡表 112

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