本論文以我國海巡署與執行國土安全維護相關的組織與功能為主要研究對象，並探討海巡署從2000年成立至今以來（2016年），這些組織與功能的執行成效、面臨之問題為何？以及最重要的，如何解決這些問題，使與其相關的國土安全得以強化。本論文的研究方法為「文獻分析法」及「深度訪談法」，研究途徑為「歷史研究途徑」。而流程則是先檢視海巡署三大前身單位的組織與功能後，接著以國土安全的角度檢視海巡署成立至今的組織與功能，最後提出問題解決方案並檢視已通過立法的海洋委員會及其下轄海巡署之組織與功能。
　　本論文分為六章，內容如下概述：
　　第一章：本章為緒論，包含本論文之研究動機、研究目的、文獻檢閱、研究方法、研究途徑、研究範圍、研究限制、研究架構與章節安排。
　　第二章：本章重點在我國海巡署的三大前身機關：原警政署水上警察局、原國防部海岸巡防司令部與部分財政部關稅總局（現在的關務署）的水上緝私單位，並探討它們的歷史沿革、組織及功能，最後再以本論文檢視海岸巡防機關執行國土安全的功能來對其分析。
　　第三章：本章主要探討我國海巡署從成立至今的組織，是否適合海巡維護與其相關之國土安全任務。而本章將組織分類為：「體制設計」、「組織結構」與「能量」三大類，並以與海巡相關的國土安全角度來對其進行檢視。
　　第四章：本章主要探討我國海巡署從成立至今，與國土安全相關的功能是否得以有效維護相對應之國土安全。而本章依海巡署之三大核心任務，分別將其分類為：「海域執法」、「海事服務」與「海洋事務」。此外，再加上國土安全中的「國防準備」及「災防準備」予以探討。
　　第五章：此章將前兩章所發現之問題分門別類，並將解決方案以「近程」（兩年內能做到的）和「中、遠程」（兩年以上才能做到的）之形式提出建言。最後對2015年6月16日通過立法之海洋委員會與其下海巡署的組織與功能做一概略式的檢視。
　　第六章：此章為結論章，包含本論文之研究回顧、研究檢討、研究心得、研究建議及未來展望。

The thesis is discussing the organizations and functions of R.O.C. Coast Guard Administration(CGA) from 2000 to 2016, and focus on its aspect of keeping homeland security. On the thesis, the effects of CGA’s organizations and functions would be inspected, also the challenges that CGA is facing; moreover, the thesis provides solutions to settle those problems, and strengthen homeland security which relating to CGA’s functions. In addition, “Document analysis” and “in-depth interview” are used as research methods, together with “historical approach” as research approach. 
    The full text contains six chapters, and could be outlined as following: 
    Chapter 1: Introduction, which includes research motives, research objectives, literature review, research method, research approach, field of research, research limitations, conceptual framework, and the structure of thesis.
    Chapter 2: This chapter focuses on the three main former units of CGA, the “Coast Guard Command, Department of Defense,” the “National Police Agency Water Police Department,” and part of the “General Administration of Customs and Anti-Smuggling,” and discusses their histories, organizations, functions, and the performances on implementing homeland security.
    Chapter 3: This chapter analyzes whether current organizations of CGA is satisfying to accomplish relative homeland security missions; In this chapter, CGA’s organizations are divided into “System Design”, “Organizational Structure” and “Capabilities” to have a more thorough study
    Chapter 4: This chapter focuses on the functional side of CGA to examine result of implementing coast guard relative homeland security missions; with the view of those relative homeland security missions, CGA’s functions are divided into “Maritime Law Enforcement”, “Maritime Services” and “Maritime Affairs” for further discussion. Besides, “National Readiness” and “Disaster Prevention and Response” are also mentioned as missions relating to homeland security.
    Chapter 5: This chapter lists the problems and challenges of CGA implementing homeland security relative missions is facing, and advises “short-term (in two years)” and “long-term (more than two years)” solutions. Furthermore, this chapter roughly reviews the organizations and functions of OAC and together with the new CGA according to it.
    Chapter 6: Conclusion, which includes research review, research findings and future perspective.

目   錄
目錄………………………………………………………………………………………………………………………………V
表次…………………………………………………………………………………………………………………………VII
圖次……………………………………………………………………………………………………………………………VIII
第一章 緒論………………………………………………………………………………………………………………1
第一節 研究動機與研究目的………………………………………………………………………………1
第二節 文獻檢閱………………………………………………………………………………………………………8
第三節 研究方法與途徑………………………………………………………………………………………21
第四節 研究範圍與限制………………………………………………………………………………………23
第五節 研究架構與章節安排……………………………………………………………………………29
第二章 我國海岸巡防機關發展歷程………………………………………………………………35
第一節 水上警察局組織與功能歷史沿革……………………………………………………35
第二節 海岸巡防司令部組織與功能歷史沿革……………………………………………48
第三節 財政部關稅總局組織與功能歷史沿革……………………………………………61
小結………………………………………………………………………………………………………………………………77
第三章 我國海岸巡防署組織現狀探討（2000－2016)…………………………81
第一節 體制設計……………………………………………………………………………………………………81
第二節 組織結構……………………………………………………………………………………………………98
第三節 能量……………………………………………………………………………………………………………126
小結……………………………………………………………………………………………………………………………154
第四章　我國海岸巡防署功能現狀探討（2000－2016）…………………157
第一節 海域執法…………………………………………………………………………………………………158
第二節 海事服務…………………………………………………………………………………………………184
第三節 海洋事務、國防準備與災防準備暨復原……………………………………192
小結……………………………………………………………………………………………………………………………202
第五章　我國海岸巡防署未來展望………………………………………………………………207
第一節 我國海岸巡防署組織未來展望………………………………………………………208
第二節 我國海岸巡防署功能未來展望………………………………………………………229
第三節 行政院海洋委員會之理論與實踐…………………………………………………241
小結……………………………………………………………………………………………………………………………256
第五章　結論…………………………………………………………………………………………………………261
第一節 研究回顧與檢討……………………………………………………………………………………261
第二節 研究心得…………………………………………………………………………………………………266
第三節 研究建議與未來展望…………………………………………………………………………268
參考文獻…………………………………………………………………………………………………………………271

 
表   次
表2-1-1　水上警察局執掌與本文檢視海岸巡防機關之國土安全任務對照表………………………………………………………………………………………………………………………………………047
表2-2-1  海岸巡防司令部執掌與本文檢視海岸巡防機關之國土安全任務對照表……………………………………………………………………………………………………………………………059
表2-3-1  海關艦艇年度統計表……………………………………………………………………… 072
表2-3-2  財政部關稅總局執掌與本文檢視海岸巡防機關之國土安全任務對照表……………………………………………………………………………………………………………………………076
表4-4-1  海巡署執行國土安全之功能¬成效評估表－海域執法……… 203
表4-4-2  海巡署執行國土安全之功能¬成效評估表－海事服務……… 204
表4-4-3  海巡署執行國土安全之功能¬成效評估表－海洋事務、國防準備與災防  準備暨復原………………………………………………………………………………………… 205
 
圖   次
圖1-2-1  國家安全與國土安全比較圖…………………………………………015
圖1-5-1  研究架構圖……………………………………………………………029
圖2-1-1  內政部警政署水上警察局組織架構圖………………………………040
圖2-2-1  軍管部暨海巡部組織架構圖…………………………………………053
圖2-3-1  關稅總局與各地關稅局之關係架構圖………………………………068
圖2-3-2  地區關稅局組織架構圖（以基隆關為例）…………………………069
圖2-4-1  我國海岸巡防機關與相關大事時間軸（1949~2000）………………079
圖3-2-1  行政院海岸巡防署署本部架構圖（2000年2月~2005年6月）… 099
圖3-2-2  行政院海岸巡防署署本部架構圖（2005年6月~2016年）……… 103
圖3-3-3  行政院海岸巡防署海洋巡防總局組織架構圖………………………104
圖3-2-4  各海巡隊與船隊之分布地點與轄區示意圖…………………………105
圖3-2-5  行政院海岸巡防署海岸巡防總局組織架構圖………………………108
圖3-2-6  海岸巡防總局初期地區巡防局組織架構圖…………………………109
圖3-2-7  海岸巡防總局地區巡防局組織架構圖（2002年8月~2016年）…114
圖3-2-8  各地區巡防局轄區之分布地點與轄區示意圖………………………115
圖3-2-9  巡防區統合協調系統示意圖…………………………………………117
圖3-2-10 「地區責任制」編組系統圖…………………………………………118
圖5-3-1  行政院海洋委員會組織架構圖………………………………………244
圖5-3-2  海洋委員會海巡署組織架構圖………………………………………244
圖5-3-3  海洋委員會海洋保育署組織架構圖…………………………………245
圖5-3-4  海洋委員會國家海洋研究院組織架構圖……………………………246

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游乾賜，2004。《我國海岸巡防機關組織變革之研究》。台北市：國立台灣大學政治學研究所。
黃羿達，2010。《海岸巡防機關任用軍職人員法制問題之研究》。基隆市：國立臺灣海洋大學海洋法律研究所碩士論文。
劉先舉，2013。《中共越南南海爭議及我南海政策之研究》。台北市：國立政治大學外交學研究所碩士論文。
劉善倫，2012。《海岸巡防署多元人事制度之探究》。新竹市：中華大學行政管理所碩士論文。
謝葉樹，2014。《海巡署機動查緝隊人員軍文職陞任認知差異對其職業滿足感之影響》。台北市：國立台北大學犯罪學研究所碩士論文。

三、 委託研究案

吳東明主持，2004。《借鏡美日韓各國、探討我國海岸巡防署發展策略之研究( 計畫編號：CGA-DPP-093-001)》。台北市：行政院海岸巡防署。
林彬主持，2009。《海岸巡防機關在海事安全應扮演的角色（ 計畫編號：CGA-DPP-098-017）》。台北市：行政院海岸巡防署。
邱文彥主持，2007。《海洋人才培育與運用策略研究（ 計畫編號：RDEC-RES-095-014）》。台北市：行政院研究發展考核委員會。
姜皇池主持，2005。《設立專業海巡學校可行性之研究( 計畫編號：CGA-DP-094-002)》。台北市：行政院海岸巡防署。
胡念祖主持，1993。《我國海洋事務專責機構之設計與定位》。台北市：行政院研究發展考核委員會。
胡念祖主持，2001。《行政院海岸巡防署組織再造研究案( 計畫編號：CGA-DPP-090-005)》。台北市：行政院海岸巡防署。
陳彥宏主持，2010。《海岸巡防機關海勤人才培育及經管制度之研究（ 計畫編號：CGA-DPP-099-001）》。台北市：行政院海岸巡防署。
陳國勝主持，2011。《從海巡機關組織變革對偵防工作定位與功能之研究（ 計畫編號：CGA-DOI-100-001）》。台北市：行政院海岸巡防署。
黃異主持，1992。《海上保安制度與組織之分析研究》。台北市：行政院研究發展考核委員會。
蔡政文主持，2001。《南海情勢發展對我國國家安全及外交關係影響（ 計畫編號：RDEC-PLN-089-033）》。台北市：行政院研究發展考核委員會。
羅旻主持，2005。《「整合資通安全機制以強化國土安全之研究」期末報告（ 計畫編號：RDEC-RES-093-004）》。台北市：行政院研究發展考核委員會。

四、 官方文件、檔案資料與訪談

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中華民國立法院，1993/6/30。《立法院公報》，第82卷第46期，頁443-499。
中華民國立法院，1996/6/27。《立法院公報》，第85卷第39期，頁81-112。
中華民國立法院，1997/10/15。《立法院公報》，第86卷第42期，頁81-117。
中華民國立法院，1998/5/15。《立法院公報》，第87卷第26期，頁104-130。
中華民國立法院，1999/1/7。《立法院公報》，第88卷第5期，頁717-733。
中華民國立法院，1999/12/8。《立法院公報》，第88卷第59期，頁122-178。
中華民國立法院，2000/1/14。《立法院公報》，第89卷第9期，頁173-331。
中華民國立法院，2013/4/22。《立法院公報》，第102卷第25期，頁273-332。
中華民國立法院，2015/10/23。《立法院公報》，第104卷第66期，頁7-124。
中華民國立法院，2016/3/25。《立法院公報》，第105卷第10期，頁1-478。
中華民國監察院，2002/10/7。《監察院公報》，第2390期。
中華民國總統府，2015/7/1。《總統府公報》，第7200號，頁30-35。
中華民國立法院，1997/5/21。《內政部施政報告》，第3屆第3會期內政暨邊政委員會。
中華民國立法院，1999/6/3。《大陸偷渡犯對台灣治安問題之影響及防範措施》，第4屆第1會期內政暨民族委員會。
中華民國立法院，2014/3/17。《因應平、戰時，國防部後備戰力及海巡署戰力整備的檢討與策進專案報告》，立法院第8屆第5會期外交及國防委員會。
中華民國立法院，2014/3/17。《行政院海岸巡防署因應平戰時任務海巡署戰力整備檢討與策進專案題告》，立法院第8屆第5會期外交及國防委員會。
中華民國立法院，2014/4/29。《行政院海岸巡防署推動「海岸巡防人員人事條例」（草案）情形專案報告》，立法院第8屆第5會期內政委員會。
中華民國立法院，2015/4/1。《行政院海岸巡防署業務報告》，立法院第8屆第7會期內政委員會。
中華民國立法院，2015/4/1。《行政院海岸巡防署業務報告》，立法院第8屆第7會期內政委員會。
中華民國立法院，2015/9/30。《行政院海岸巡防署104年度預算解凍專案報告》，立法院第8屆第8會期內政委員會。
中華民國行政院，2003/2/27。〈臺灣地區查緝走私分工與執行配套措施〉，院臺財字第0920009006號函。
中華民國監察院，1998/7/15。《治安惡化專案調查報告》。
中華民國監察院，2004/10/6。《糾正案文》，093000164內132次糾正案文。
中華民國監察院，2005/1/5。《糾正案文》，094000007內糾正案文。
中華民國監察院，2012/11/8。《調查意見》，字號1010800249調查案號101內調0088。
行政院海岸巡防署海岸巡防總局。《中華民國105年度 中央政府預算 海岸巡防總局及所屬單位預算》。
行政院海岸巡防署海岸巡防總局。《行政院海岸巡防署海岸巡防總局充氣式救生艇籌補計畫》。
行政院農業委員會，1999/11/24。〈公告台灣地區拖網漁船禁漁區位置及有關限制事宜〉，農漁字第88685344號函。
財政部關務署，1993/9/20。〈財政部關稅總局法令〉，臺總局海字第03121號函。
財政部關務署，2000/2/9。〈財政部關稅總局命令〉，臺總局人字第89100796號函。
王進旺。「前行政院海巡署署長王進旺先生訪談紀錄」。由朱家慶訪問（2016年4月）。
吳東明。「中央警察大學水上警察系吳東明老師訪談紀錄」。由朱家慶訪問。2016年3月。
洪國清。「財政部關稅總局海務處副處長洪國清先生訪談紀錄」。由張鎮炘訪問。張鎮炘，2005。《臺灣海關艦艇移撥海岸巡防署之研究》。桃園：國立中央大學歷史研究所碩士論文，頁213-226。
胡念祖。「國立中山大學海洋事務研究所胡念祖所長訪談紀錄」。由朱家慶訪問（2016年5月）。
軍職A科員，「行政院海巡署軍職A科員訪談紀錄」。由朱家慶訪問。2016年2月。
軍職B科員，「行政院海巡署軍職B科員訪談紀錄」。由朱家慶訪問。2016年2月。
陳國勝。「中央警察大學水上警察系陳國勝老師訪談紀錄」。由朱家慶訪問。2016年3月。
鄭樟雄。「前行政院海巡署副署長鄭樟雄先生訪談紀錄」。由朱家慶訪問。2016年3月。
警職A科員。「行政院海巡署警職A科員訪談紀錄」。由朱家慶訪問。2016年3月。
警職Ｂ科員。「行政院海巡署警職Ｂ科員訪談紀錄」。由朱家慶訪問。2016年3月。

貳、 英文文獻
一、書籍

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