在兩岸政府的授權之下，海基會與大陸海協會於1991年底展開正式的接觸與協商，1993年4月，兩岸兩會的最高負責人在新加坡舉行了歷史性的「辜汪會談」並簽署四項協議，是兩岸建立以對話協商解決交流問題的濫觴。其後兩岸政府也持續透過此一管道進行多次談判，雙方制度化協商的機制初有雛形，陸委會與海基會在李登輝執政初期的合作密切，但受當時政治情勢及各機關本位主義的影響，陸委會與海基會又迭有衝突，雙方磨合之處甚多，因有「海陸大戰」的說法。
隨著兩岸關係在1995年至2008年間經歷多次重大波折，兩岸互信不足、關係緊繃，制度化協商因而中斷，海基會在這種情況下的發揮空間有限，功能減弱，與陸委會之間的磨擦有大幅度的減少。
2008年政黨再度輪替，主張兩岸和解的馬英九勝選，讓兩岸制度化協商復談，海基會的角色因此變得重要，到2014年，海基會與大陸海協會共簽署21項協議，陸委會作為海基會主管機關的定位也愈見清晰。但同時，兩岸溝通漸回歸制度與專業面，各自部會都能非正式直接溝通，海基會居間傳話的「白手套」功能愈來愈薄；在陸委會與國台辦建立常態聯繫機制、陸委會副主委兼任海基會秘書長職務後，海基會「談判、交流、服務」的三大功能勢必有所調整。
本文運用文獻分析法，將海基會自1991年創立至今分為「李登輝執政」、「陳水扁執政」、「馬英九執政」三個時期。透過國內政治因素、外部兩岸關係、大陸決策系統、當前大陸政策、領導人因素、兩岸談判方式、其它兩岸接觸管道等七項指標，檢視李登輝、陳水扁、馬英九執政時期的內外政治與兩岸決策環境，如何影響陸委會與海基會的互動關係與定位功能，並觀察在歷史經驗累積下的陸委會與海基會，如何因應新的內外情勢，發展出新的互動關係。

In late 1991, Taiwan’s Straits Exchange Foundation (SEF) and China’s Association of Relations Across the Taiwan Straits (ARATS) was each authorized by their respective governments to begin official contacts and negotiations. Over the years, relations across the Taiwan Strait have seen their ups and downs which had direct impact on the relationship between the SEF and its supervisory agency, the Mainland Affairs Council (MAC).
 
This thesis will examine the relationship between the two semi-official agencies during the presidencies of Lee Teng-hui of the Nationalist Party (KMT), Chen Shui-bian of the Democratic Progressive Party (DPP) and incumbent Ma Ying-jeou of the KMT.
 
During Lee’s presidency, the heads of the SEF and ARATS met in Singapore where they signed four agreements. The historic talk paved the way for future dialogues and negotiations between the two sides separated by the Taiwan Strait since 1949. Yet overall the relationship between the SEF and MAC during this period was tense due to constant conflicts.
 
Between 1995 and 2008, cross-strait relations descended into military intimidation and heated political rhetoric. During this period, the functions of the SEF were significantly reduced. And because of its reduced functions, friction between the SEF and MAC was remarkably eased. It was particularly so during Chen’s presidency.
 
Cross-strait relations have significantly improved since President Ma Ying-jeou was first elected in 2008 on a platform of seeking friendlier ties with China. Both sides not only resumed the long-stalled bilateral talks but also established institutionalized negotiations. Since then, the two sides have inked 21 agreements, including the landmark Economic Cooperation Framework Agreement in June 2010. However, as cross-strait negotiations become more institutionalized and professional, the function of the SEF is bound to change.
 
The thesis is divided into five chapters. It will use seven indicators to examine the impact of local and foreign politics on the relations and interactions between the MAC and SEF during the presidencies of Lee, Chen and Ma. The thesis will also delve into the possible development of future relationship between the MAC and SEF.

目次
第一章 緒論------------------------------------------------------- 1
第一節 研究動機與研究目的----------------------------------- 1
第二節 研究途徑與研究方法----------------------------------- 5
第二章 大陸事務專責機構的編制與定位------------------------------ 11
第一節 國安會---------------------------------------------- 11
第二節 國統會---------------------------------------------- 13
第三節 行政院大陸委員會------------------------------------ 19
第四節 海基會---------------------------------------------- 25
第五節 其他------------------------------------------------ 28
第三章 陸委會與海基會各時期互動指標檢視-------------------------- 30
第一節 李登輝執政時期 -------------------------------------- 30
第二節 陳水扁執政時期 -------------------------------------- 57
第三節 馬英九執政時期 -------------------------------------- 73
第四章 各時期指標影響分析---------------------------------------- 93
第一節 李登輝執政時期 -------------------------------------- 93
第二節 陳水扁執政時期 ------------------------------------- 113
第三節 馬英九執政時期------------------------------------- 116
第五章 結論----------------------------------------------------- 127
參考資料-------------------------------------------------------- 138
附錄------------------------------------------------------------ 141
V
表目錄
《表一》：各時期陸委會與海基會首長表------------------------------ 6
《表二》：兩岸至今簽署協議----------------------------------------24
《表三》：前九次密使會談------------------------------------------56
《表四》：海基會收發大陸海協會函件統計表 -------------------------61
《表五》：2008 年520 馬政府上台後海基會收發大陸海協會函件統計表---79
《表六》：連胡12 次會面 ------------------------------------------92
《表七》：各時期指標強弱表---------------------------------------133

一、專書：
方鵬程，《台灣海基會的故事》，（台北，台灣商務，2005年）。
王銘義，「兩岸和談：台灣與中國的對話」，財訊，1997/06/01
王銘義，《不確定的海峽》，（台北，時報出版，1993年）。
王銘義，《對話與對抗─台灣與中國的政治較量》，(台北，天下遠見， 2005年1月)。
包宗和、吳玉山主編，《重新檢視爭辯中的兩岸關係理論》，(台北，五南圖書，2009年9月)。
田麗虹，「兩岸關係的決策分析─解析行政立法關係下的大陸政策」，新文京，民92。
李登輝，「台灣的主張」，遠流，1999/05/20。
李建榮，《解凍兩岸20年─兩岸時事評論家李建榮的第一手觀察》，(台北，天下遠見，2011年3月)。
李福鐘，《國統會與李登輝大陸政策研究》，五南，2010/09/22。
吳文程（1996）。台灣的民主轉型：從權威型的黨國體系到競爭性的政黨體系。台北：時英出版社。
吳介民等合著，《兩岸開放二十年回顧與展望》，(台北，遠景基金會，民國96年11月)。
施啟揚，《源─三十年公職回憶》，（台北，幼獅文化，2004年1月）。
徐立德，「情義在我心─徐立德八十回顧」，天下遠見，2010年。
陳長文，《假設的同情─兩岸的理性與感性》，（台北，天下遠見，2005年8月）
陳水扁，世紀首航 : 政黨輪替五百天的沉思，臺北市 : 圓神出版社, 2001[民90]。
陳錫蕃，鄭安國主編，「『一個中國，各自表述』的史實」，台北：國家政策研究基金會，民100.10。
陳陸輝、耿曙，「台灣民眾統獨立場的持續與變遷」，《重新檢視爭辯中的兩岸關係理論》，五南，2009年9月。
許惠祐，「兩岸交流政策與法律」 (臺北：華泰文化，2007年) 。
許漢，「總統的祕密特使」，臺北縣新店市 : 獨家出版社，1995
戚嘉林，「李登輝兩岸政策十二年」，臺北市，2005[民94]。
張慧英，「李登輝1988~2000執政十二年」，天下遠見出版股份有限公司，2000年。
張炎憲，李登輝總統訪談錄，台北：國史館、允晨，2008。
游盈隆主編，《近二十年兩岸關係的發展與變遷》，（台北，海基會出版，民國97年）。
鄒景雯整理，《李登輝執政告白實錄》，(台北，印刻出版，2001年5月)。
趙春山主編，兩岸關係與政府大陸政策，台北市：三民，2013。
蔡朝明主編，《馬總統執政後的兩岸新局─論兩岸關係新路向》，(台北，遠景金金會，民國98年5月)。
歐陽聖恩，《再見，白手套─海基會二○○○日》，(台北，商周文化，民國86年)。
蘇起、童振源主編，《兩岸關係的機遇與挑戰》，台北市五南，2013.09

二、期刊、論文集：
大陸政策文件以往資料，2006-03-06。行政院新聞局，《李登輝先生言論選集》。
海基會「交流」月刊，辜汪會談20周年專輯，第128期，民國102年4月。
「行政院蘇院長終止『國統會』運作、《國統綱領》適用相關決策專案報告」， 
總統府，「和平繁榮新世紀─陳水扁總統談話輯要」，行政院新聞局，民90。
王植忠，陳水扁執政時期大陸政策之研究(2000-2008年)，淡江大學中國大陸研究所碩士在職專班，民國101
邵宗海，「陳水扁『一邊一國』」主張的分析與兩岸關係的影響，臺灣研究集刊（廈門：廈門大學臺灣研究院，2004年第2期）。
胡全威，「陳水扁總統的『統合論』之評析」，國政基金會，中華民國九十一年六月十一日。
施正鋒，台灣在「李登輝時代」的民主轉型，http://faculty.ndhu.edu.tw/~cfshih/conference-papers/20030924.htm
唐永瑞，「國共論壇」回顧與展望，《展望與探索》，'第7卷第10期，2009年10月，頁39。
陳德昇，「2013年博鰲論壇與區域合作中的兩岸關係」，《中共研究》，第47卷第5 期，2013年5月，P126-127。
陳蓋武，李登輝主政時期（1988~2000）大陸政策演變之研究，中國文化大學中國大陸研究所碩士論文，台北市，民97
陳月春，我國大陸政策組織運作關係之研究─陸委會與海基會之關係探討，國立中興大學公共行政及政策研究所碩士論文，民國八十三年七月
陳鵬光，李登輝時期大陸政策之研究，淡江大學中國大陸研究所，民90年
賴名倫，政黨菁英甄補之研究－以國民黨中常委為例（1993-2008），政大政治研究所碩士論文，2009年。
魏承恩，「李登輝時代兩岸九度密談實錄」，商業週刊，2000.7.24

三、參考網站：
中選會網站 http://www.cec.gov.tw/bin/home.php
行政院大陸委員會網站 http://www.mac.gov.tw/welcome02/welcome02.htm
陸委會「大陸工作參考資料」
財團法人海峽交流基金會網站 http://www.sef.org.tw/
國務院台灣事務辦公室 http://www.gwytb.gov.cn/index.asp
國家安全會議組織法